《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称《税收征管法》）及其实施细则颁布实施后，税务稽查人员得以采取更加强有力的措施，履行以查促管、以查增收、严厉打击税务违法行为。但目前税务稽查管理中仍然存在着一些突出的问题，亟待加以研究和探讨，并进一步得到改进和解决。
一、原有的管理模式影响稽查效率
《税收征管法》明确规定：稽查局专司偷税、逃避追教欠税、骗税、抗税案件的查处。但目前一些基层税务机关没有实现从收入型稽查向执法型稽查的转变，仍然把稽查局作为创收机构进行管理，年初按简单化的基数增长法分配税收收入任务，年中考核收入进度，年终以任务指标完成情况论英雄。这种现象促使稽查部门为完成税收收入任务而组织开展稽查，在选择稽查对象时，把工作的主要精力放在重点税源的纳税户上，导致有些纳税人受到频繁检查，而有些纳税人多年得不到一次检查。在稽查工作进入后期时，注重对查补税款的追缴入库，而忽视协助纳税人调整账户和改进工作，也不主动向征管部门、管理人员进行反馈，造成一些纳税人屡查屡犯，不利于管征质量的提高。
二、不完善的制约机制影响稽查质量
对税务稽查部门的监督包括外部监督和内部监督。外部监督主要来自社会，包括纳税人、纪检监察部门以及其他有关部门；内部监督主要包括审理环节的监督以及征管、法规等业务部门的监督。当前实施外部监督，仅仅停留在对税务稽查人员的工作作风进行监督，而对他们工作质量的监督则无从谈起。内部监督的实施集中在稽查工作四分离机制中的审理环节，由于没有接触到被对象的第一手资料，只能就违法事实是否清楚、案件定性是否得当、运用税收法律法规是否准确、执法程序是否合法等内容进行审理，对实施稽查其他方面的内容很难监督到位。查大报小、查而不报的现象得不到有效遏制。
三、难到位的政策执行影响稽查效果
在实际的稽查工作中，普遍存在着税务执法难到位的问题。一是税务稽查人员业务素质不过硬，对税收政策一知半解或对某些细微之处理解不透，致使该受处罚的纳税人没有受到处罚。二是地方干预较为严重，造成有被查出问题的纳税人或是四处找关系、走后门，或是讨价还价、少补税款、不缴罚款。三是纳税人的纳税意识淡薄，导致查补的税款难以及时足额入库。诸如改制后的企业对原国有、集体企业的税收债务采取逃避方式，造成事实上的税款流失；诸如新办企业不遵守财务会计制度，没有进行正规的财务核算，致使税务稽查人员无账可查，造成税款不能足额或滞后缴纳；诸如有些企业对查补的税款一拖再拖，而税务机关程序复杂、要求严格的税收保全措施和强制执行措施，对于条件不具备的企业总是束手无策，造成查补的税款无法及时入库。
要解决上述三个问题，应该从以下几个方面进行研究探讨，从而更好地发挥税务稽查的作用。
一、切实转变思想观念
第一要认真贯彻《税收征管法》及其实施细则，正确理解税务稽查的执法主体资格和基本职能，确立执法型稽查的新观念，明确稽查责任，提高稽查的执法水平，切实把执法观念和工作作风转变到稽查工作本位上来。第二是自觉运用《税收征管法》规范稽查工作，使稽查以执法为主的工作职能完全发挥出来。第三把稽查工作的考核重点放在执法的效率上，而不是将是否完成收入任务作为考核重点。
二、建立案源基础档案信息库
要充分利用已经建立起来的计算机广域网、局域网，建立健全税务案源基础档案信息库，实现征管信息和稽查信息共享。一方面，稽查部门对征管部门反馈的税务登记情况，纳税申报情况，账簿、凭证管理情况，税款缴纳情况等信息资源进行分拣、抽取，找出有价值的线索组织选案；另一方面，对征管软件上所列数据进行比对组合，建立一套科学全面的选案指标体系，科学地挑选选案指标，保证稽查选案的客观性、科学性，提高选案准确率，为查处大案要案提供条件。
三、设立科学的考核评价指标
采用设定稽查面、结案率、查补率、入库率、处罚率等指标来进行稽查工作考核。通过保持一定的稽查面，防止稽查死角的出现；通过提高案件结案率，解决部分案件查而不结的问题；通过达到一定的查补率，保证稽查成果；通过提高入库率，增强稽查执法的刚性；通过提高处罚率，发挥稽查的惩戒作用。对上述各项指标的考核，必须相辅相成，不可偏废，单纯强调稽查成果，忽视稽查面，容易造成对纳税户的重复检查，对规模小的纳税户忽略不查，影响稽查以查促管作用的发挥；单纯强调入库率和处罚率而忽视查补率，稽查的执法刚性也无法体现。
四、健全监督监督制约机制
进一步完善《税收执法过错责任追究办法》，及时研究、发现、总结、分析以前工作中的经验和问题，对过错追究办法不断修改完善，使过错追究工作逐步规范化、科学化；建立一支高效率的税收执法检查队伍，执法检查时做到实事求是，有法必依，违法必究；针对执法薄弱环节确定执法检查重点，提高工作效率；逐步运用网络和计算机的自动监空功能，监督执法行为。
五、提高稽查人员素质
进一步加强税务稽查队伍建设，不断对稽查人员进行思想政治教育，确保正确的政治方向；建立竞争激励机制，推行稽查业务等级制度和竞聘制度，调动稽查人员的工作积极性；抓好对稽查人员的税收政策、法律法规、企业财务制度和会计处理方法等各种业务知识的培训工作，推动税务稽查人员从专业型想复合型人才的转化。